Seit 2016 findet jährlich die Netzwerktagung der Schülerforschungszentren statt. An wechselnden SFZ-Standorten treffen sich Vertreter*innen bestehender und in Gründung befindlicher Schülerforschungszentren sowie Förderer aus der MINT-Bildung zum Erfahrungsaustausch. Neben der intensiven Vernetzung stehen Themen wie z. B. rechtliche Rahmenbedingungen, Personalgewinnung oder Gründung eines SFZs auf dem Programm. Alle zwei Jahre werden zudem die Sieger des Konzeptwettbewerbs ausgezeichnet.